Epimetheus về cơ bản có chung một quỹ đạo với vệ tinh Janus. Các nhà khoa học đã cho rằng chỉ có một thiên thể trong quỹ đạo đó (họ không thể tin được rằng hai vệ tinh lại có thể chia sẻ chung một quỹ đạo gần như tương đồng mà không va chạm với nhau[4]), và theo đó đã có những khó khăn trong việc xác định đặc điểm quỹ đạo của chúng. Các quan sát thời đó chủ yếu là ảnh chụp và cách xa nhau về mặt thời gian, vậy nên mặc dù sự xuất hiện của hai thiên thể thì không rõ ràng nhưng các quan sát này rất khó để có thể dung hòa với một quỹ đạo hợp lý.[5]

Audouin Dollfus quan sát một vệ tinh vào ngày 15 tháng 12 năm 1966,[6] và ông đề xuất cái tên "Janus" cho nó.[7] Vào 18 tháng 12, Richard Walker cũng có một quan sát tương tự mà giờ được cho là sự kiện khám phá ra vệ tinh Epimetheus.[8] Tuy nhiên, vào thời điểm đó, các nhà khoa học tin rằng đó chỉ là một vệ tinh duy nhất, được biết đến chưa chính thức là "Janus", ở trong quỹ đạo đó.[4]

Mười hai năm sau, vào tháng 10 năm 1978, Stephen M. Larson và John W. Fountain nhận ra rằng những quan sát vào năm 1966 có thể được giải thích một cách tốt nhất bởi hai vật thể tách biệt (vệ tinh Janus và vệ tinh Epimetheus) có cùng một quỹ đạo rất giống nhau.[9] Điều này được xác nhận vào năm 1980 bởi tàu Voyager 1,[10] và do đó Larson và Fountain chính thức chia sẻ việc phát hiện vệ tinh Epimetheus cùng với Walker.[4]

Vệ tinh Epimetheus được chính thức đặt tên vào năm 1983.[lower-alpha 1] Cái tên Janus được IAU chấp thuận vào cùng thời điểm, mặc dù cái tên này đã được sử dụng không chính thức kể từ khi Dollfus đề nghị nó không lâu sau sự kiện phát hiện nó vào năm 1966.[4]